五岛是游戏后期的重要区域，包含多个隐藏地点和特殊挑战。要进入五岛仓库，玩家需先完成主线任务并击败四大天王，获得冠军证书。随后在凯南岛的宝可梦研究所从比尔处领取彩虹票，这是前往七岛群岛的必要条件。五岛仓库的入口被紧锁，需先前往火箭队隐藏基地获取仓库钥匙。基地内布满陷阱和火箭队成员，需谨慎应对。在基地最深处取得钥匙后，返回五岛中央区域开启仓库大门，内部设有复杂机关和迷宫，建议携带充足恢复道具和逃脱绳以备不时之需。
仓库内部结构分为多层，包含多个需要解谜的区域。其中不归洞穴是五岛最具挑战性的迷宫之一，路线设计极为复杂。正确路径需按特定顺序通过：右→下→右→上→下→上→右→上→下→下→右→右→右→上→下→下→右→左→下→左。洞穴深处藏有奇异甜食等重要道具，部分区域需使用怪力技能推动石块才能继续前进。探索过程中会随机遭遇高等级野生宝可梦，建议队伍平均等级达到50级以上。
五岛仓库的特殊宝可梦捕捉是核心挑战内容。在仓库最深处可遇到唱歌波克比等稀有宝可梦，部分区域需完成特定机关才能解锁。金属涂层等重要进化道具可在7岛5岛的大岩蛇之墓附近获取。对战配置方面，建议队伍包含水系、电系和格斗系宝可梦以应对仓库内多样的敌人类型。火箭队成员多使用毒系和恶系宝可梦，准备相应克制技能可显著降低战斗难度。
完成五岛挑战后，玩家可返回水蓝市继续主线剧情。游戏会开放更多隐藏区域，包括需要特定技能才能进入的秘密地点。建议在离开五岛前彻底探索每个角落，确保收集所有关键道具。后续挑战中，之前获得的仓库道具和稀有宝可梦将对战局产生重要影响。保持队伍的综合平衡性，合理分配资源是应对更高难度挑战的基础策略。
